AMEA Naxçıvan bölməsi Naxçıvan Regional Elmi Mərkəzi, Naxçıvan Elmi -Tədqiqat Bazası və Şamaxı Astro-Fizika Rəsədxanasının Batabat və Ağdərə stansiyalarıının əsasında yaradılıb.
2003-2005-ci illərdə Naxçıvan şəhərində bölmə üçün bina tikilib. Təbii Ehtiyatlar və Bioresurslar İnstitutlarında 11 laboratoriya qurulub, onlar üçün müasir avadanlıqlar alınıb.
Naxçıvan Bölməsində 90-na qədər elmi işçi məşğul olur. Son üç ildə elmi əməkdaşlardan 10 nəfəri doktorluq və namizədlik dissertasiyası müdafiə edib. 2003-cü il aprel ayında Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının üzvlüyünə Naxçıvan Bölməsi üzrə seçkilər keçirilib, 2 nəfər həqiqi üzv, 3 nəfər isə müxbir üzv seçilib. Elmi işçilərdən 9 nəfəri doktorant, 18 nəfəri aspirant, 37 nəfəri disserntant kimi fəaliyyət göstərir.
Bölmənin əməkdaşları tərəfindən keçən il 6 elmi istiqamətdə 6 problemi əhatə edən, 7 mövzuya daxil olan 36 iş 79 mərhələdə aparılıb, 13 mühüm nəticə alınıb. Təkçə 2005-ci ildə bölmə əməkdaşılarının 10 kitabı, 2 monoqrafiyası, 27 məqaləsi, 7 tezisi çap edilib. Bunlardan 17-si xarici ölkələrdə çapdan çıxıb. Eyni vaxtda əməkdaşlar iki xəritə işləyib və beş yeni birləşmə nümunəsi alıblar.
Naxçıvan MR Ali Məclisinin sədri Vasif Talıbovun rəhbərliyi ilə "Naxçıvan ensiklopediyası" Naxçıvan bölməsi tərəfindən iki cilddə çap edilib. Eyni zamanda iki cildlik "Cümhuriyyət ensiklopediyası" və iki cilddə olacaq "Naxçıvan tarixi"nin hazırlanmasında iştirak ediblər. Onlarla əməkdaş hər il xarici ölkələrdə keçirilən beynəlxalq səviyyəli sammit, simpozium və konfransda məruzələrlə çıxış edirlər.
Bölmənin 4-illik fəaliyyəti münasibəti ilə keçirilən tədbirdə iştirak NMR Ali Məclisinin sədri V.Talıbov Naxçıvan bölməsini fəaliyyətindən razı qaldığını bildirib, onları təbrik edib.